近年来，在农村土地承包制不断健全的同时，农业承包纠纷案件却呈逐年增长趋势。通过对山东平阴县法院近两年审理的农业承包合同纠纷案件进行调分数查询析后发现，农业承包合同纠纷产生是什么原因主要有以下几个方面：1、土地承包合同不健全1、合同的形式要件不规范，合同条约不具体、不健全、不科学。农村承包合同一般要订立书面合同。但因为合同双方当事人的文化常识水平和实践经验有限，有相当一部分合同条约不全，权利义务约定不清楚，从而引发纠纷；有些只不过个别村干部口头说了算，没书面合同；有些村干部或承包户不把合同当回事，随手遗弃，一旦发生纠纷，无据可查。
2、合同的实质内容不清楚：一是标的不清楚。如土地、果园、荒坡的四至不明，建房筑路、添置灌溉设施、架设电路等权利义务关系未予明确。二是承包基数及交款方法学会不好。发包前未作充分的可行性论证，凭借少数人的粗浅领会，或对市场的变化原因估量不足，合同中确定的基数总是过高或过低，高者可能影响承包者的生产积极性，致使合同很难全方位履行；低者易引起“红眼病”，总想提升基数或提前终止合同。三是违约条约约定不合法。如约定违约金的数额不合法，常常为了防止风险强调责任，把它确定得高出因违约给他们导致的直接经济损失的数倍甚至几十倍，使此种违约金约定成为一纸空文。
3、发包程序不够透明。目前，个别地方的个别农村干部或以权谋私、仗权承包，或优亲厚友、暗中入股，或秘密签约、压价承包，他们无视“集体资产、集体受益”的原则，对集体经济组织的资产不经群众民主讨论即擅自发包，激化了群众与干群之间的矛盾，导致合同无效。2、发包方的盲目与随便性如忽略土地、山地的综合借助效益；有些发包方对外地承包者的经营能力，资金情况缺少必要的认知和审察，使一些既无技术又无资金的人随便获得承包经营权，承包后又没办法经营，导致非常大的经济损失。另外，因为发包人的变动，单方变更或解除合同，尤其是合同承包费增加，在合同纠纷案件中占有相当大比率。3、承包方生产的破坏性及合同的随便出售个别承包人在承包期间，为了追求个人经济利益，无视对自然资源的保护和合理借助，进行破坏性生产，危及农村的集体经济，破坏了土地资源。也有部分承包人在合同履行过程中，随便将我们的承包权舍弃，出售或转包。有些承包人未经发包人赞同单方面出售、转包；有些出售、转包后改变了原承包合同的内容，将粮田挖池养鱼等；有些出售、转包后，原承包人没准时签订第二份合同，使出售、转包无效；有些高价出售、转包，从中渔利。现在，农村承包合同纠纷案件增多，不只影响了农村社会的安定团结，也影响了农民的生产积极性，影响了农村经济的进步。人民法院要积极稳妥地处置好农村承包责任制中的纠纷和其他与进步农村经济有关的涉农案件，以保障和促进农业和农村工作的进步。在审理农业承包合同纠纷案件中，应着重审察以下四个方面问题：1、注意审察诉讼主体资格。在农业承包合同纠纷案件中，当事人需要是因承包关系发生争执，以自己名义进行诉讼，并受人民法院的裁判或调解协议约束的人。因为农业承包合同的主体双方是特定的，农业承包合同主要发生在集体经济组织与其成员之间，集体经济组织以外的第三者一般不列为承包对象。因为法律常识和义务意识的欠缺，很多代包人、承包人在完成代包、转包后，便以为事不关已，不再过问合同的履行状况。同时，在发包过程中，发包方常常忽略承包主体的生产经营能力而盲目发包，致承包者因缺少有关的生产栽培技术或不懂营运管理导致亏损，不但完不成承包指标，而且给集体财产带来损失。因此发包方必须要明确承包主体的身份，对于代包或转包者，应告知其应负的法律责任，降低此类行为的发生。